La fecha de fundación de Santa María del Puerto del Príncipe es fuente de controversias científicas. La fecha tradicional dada por los historiadores locales es la del 2 de febrero de 1514, cuando, según la leyenda, entorno a la misma cruz que dejó plantada Colón en 1492 el teniente de guerra enviado por Velázquez, Diego de Ovando, al mando de 15 castellanos montados a caballo y sus indios auxiliares, fundaron la villa en una árida lengüeta de tierra en la actual bahía de Nuevitas.
Sin embargo, hoy la mayoría de los estudios coinciden en que tal fecha no es exacta, pues cuando Fray Bartolome de las Casas sale de Cuba, a mediados de 1515, después de pronunciar su famoso discurso del arrepentimiento en la recién fundada villa de Sancti Spíritus, el sacerdote desconocía el establecimiento de Puerto Príncipe, por lo que debió ser en ausencia del defensor de los indios -probablemente antes o al unísono con el establecimiento de Santiago de Cuba– que se llevó a cabo la fundación de la sexta de las primitivas villas cubanas.
La villa, que más tarde se convertiría en la principal población del centro de la Isla, vivió en sus inicios una vida itinerante, que la llevó en 14 años a dos lugares distintos después de su localización original en Punta de Guincho, en la bahía de Nuevitas. La decisión de cambiar su emplazamiento primitivo y de trasladarse a las orillas del río Caonao -en el cacicazgo del mismo nombre y recordado por la famosa matanza- se debió a que el lugar carecía de agua y pastos para el ganado, aparte de que la tierra, de naturaleza caliza y muy esteril, no reunía condiciones para la labranza.
Por ello Diego de Ovando, después consultar a los escasos principeños de la villa, emprendió su traslado hacia el interior. Según un antiguo manuscrito, en el momento de su llegada a Caonao, a finales de marzo de 1516, los habitantes era tan solo 15 varones casados, con sus esposas e hijos, además de otras personas de paso, hasta alcanzar la cantidad de 97 castellanos, que desalojaron a los siboneyes de sus mejores bohíos y estancias, donde se establecieron cómodamente.
Ovando repartió las primeras encomiendas de indios, pero fueron tales los abusos de los cristianos y sus gobernadores que allá por el año 1528 ocurrió una gran sublevación en la hacienda Saramaguacán -que en lengua siboney significa “gran corriente de agua”-, a la que presto acudió a sofocar el gobernador Diego de Ovando, encontrando la hacienda quemada y siete encomenderos muertos, y todo destrozado.
Como el número de indios superaba al de los españoles, Ovando se vio obligado a buscar refugio en los territorios del cacique amigo Camagüebax, vasallo del conquistador Vasco Porcallo de Figueroa, estableciéndose en tierras situadas en el centro de la provincia, equidistantes de ambas costas, entre los ríos Tínima y Hatibonico. Allí encontró asiento definitivo la ciudad -que adoptó un trazado muy irregular, un caso excepcional entre las primeras villas cubanas-, que desde el 9 de junio de 1903 conocemos por el nombre indio de Camagüey y no del inicial de Puerto Príncipe.